Sebagian armada kapal milik PT.PELNI merupakan buatan Jerman. Dalam kapal dibagi menjadi beberapa kelas, Kelas 1 sampai 3 serta Kelas Ekonomi. Kabin terbaik ada dikelas 1A diikuti 1B dengan kamar pribadi seperti ruangan hotel. Setiap penumpang kapal Pelni diberikan sebuah kasur busa empuk, tak terkecuali untuk kelas ekonomi dengan tempat tidur kasur yang disusun beramai-ramai.
Berikut ini daftar kapal Pelni dengan trayek tetap.
- KM Awu
- KM Binaiya
- KM Bukit Raya
- KM Bukit Siguntang
- KM Ciremai
- KM Dobonsolo
- KM Dorolonda
- KM Egon
- KM Fudi
- KM Ganda Dewata
- KM Gunung Dempo
- KM Kelimutu
- KM Kelud
- KM Lawit
- KM Labobar
- KM Lambelu
- KM Leuser
- KM Nggapulu
- KM Pangrango
- KM Sangiang
- KM Sinabung
- KM Sirimau
- KM Tatamailau
- KM Tidar
- KM Tilongkabila
- KM Umsini
Pelni merupakan jasa pelayara yang selain menjangkau kota-kota besar juga menjangkau ke seluruh plosok negeri, hingga lebih dari 150 tujuan pelabuhan dari sabang sampai merauke, sesuai slogannya “menjangkau seluruh perairan Indonesia”. Kapal Pelni akan berlayar sesuai jadwal pemberangkatan baik penumpang banyak ataupun sedikit kapal pelni akan tetap berangkat sesuai dengan jadwal.
Tidak hanya jasa transportasi kapal laut, Pelni juga menjadi operator dari 8 (Delapan) kapal Tol Laut dari program pemerintah yang melayani angkutan container. Pelni juga mendukung program pariwisata di Indonesia dengan menyediakan beberapa paket wisata ke berbagai tempat pariwisata bahari di seluruh perairan Indonesia, seperti beberapa kepulauan tujuan wisata Raja Ampat, Banda Neira, Wakatobi, Pulau Komodo, Karimun Jawa, Takabonerate, Anambas, Bunaken, Derawan dan Tomini.